一、日本有关原产地规则的法律和管理体系
（一）法律法规体系
日本关于原产地规则的法律法规体系，由涉及关税、海关及贸易管理的40多部法律法规和政令以及对外签订的EPA/FTA协定组成，主要包含以下内容：
1.涉及海关、关税的法律法规及政令：《关税暂定措施法》、《关税定率法》、《关税法》及其《施行令》、《施行规则》和《基本通知》；
2.涉及贸易管理的政令等：《关于紧急关税的政令》、《关于反倾销税的政令》及日本对外实施各类贸易救济、贸易报复措施时颁布的各类政令。
3.对外签订的EPA/FTA协定和《关于依据经济合作协定发放特定原产地证书的法律》及其《施行令》和《施行规则》。
（二）政府管理体系
1.经济产业省（以下简称经产省）是日本对外贸易的主管部门，该省贸易经济协力局贸易管理部下设贸易管理课，主管原产地证明事务。由于日本近年加大了对外商签EPA/FTA的力度，相关业务大大增加，2005年4月1日，经产省又在贸易管理课下新设原产地证明室，专门负责原产地证明事务的管理。
依据《关于简化关务手续的国际公约》第11条的规定和《关于依据经济合作协定发放特定原产地证书的法律》，经产省授权日本商工会议所（即商会）发放原产地证书。据统计，日本商工会议所每年发放的原产地证书约为60万份。
2.日本财务省主管海关、关税事务，该省关税局关税课负责原产地制度的制定等工作，而各地海关具体执行进口产品原产地的认定。在日本对特定国家实行贸易救济、贸易报复时，由该省主管的海关系统根据原产地规则，具体执行各类措施。
二、日本的原产地规则应用
（一）特惠领域
主要应用于对发展中国家实行的普惠制（GSP）以及EPA/FTA协定中的关税特惠减让。
1.普惠制。日本自1971年8月开始实施普惠制，对发展中国家实行特惠关税措施。现在日本对141个国家和15个地区实行普惠制，对象涉及约340种农产品，以及除石油、皮革制品等产品以外的约3300种工业品。日本原产地制度最早开始于普惠制实施之时，主要用于认定产品是否属于受惠国原产品，以决定是否适用特惠关税。
2. EPA/FTA。自2002年11月日本——新加坡经济合作协定（EPA/FTA）生效后，日本已与9个国家和地区签订了EPA/FTA协定，其中与新加坡、墨西哥、马来西亚和智利签署的协定已经生效。根据协定的内容，日本对原产自对象国的产品实行关税减让，并制定了相关的原产地确定方法和程序。由于谈判情况和各个对象国关注不尽相同，各个协定中对原产地规则的规定也有所不同。
（二）非特惠领域：
主要应用于反倾销等贸易救济领域、贸易报复措施，以及WTO政府采购领域。
1.贸易救济领域。日本对外提起反倾销时，以原产地为准，对特定国家的产品实行征收附加税、配额限制等救济措施。如2002年日本对原产于韩国和中国台湾地区的聚酯短纤维征收反倾销税时，应用了原产地规则。
2.贸易报复措施。在根据WTO协定对外实施贸易报复措施时，要根据原产地规则，对原产于特定对象国的产品实施报复。如2005年8月，日本对原产于美国的滚珠轴承征收报复性关税。
3.WTO政府采购协定。日本作为WTO政府采购协定（GPA）的缔约方，必须遵守该协定第4条关于原产地规则的规定，在政府采购领域采用的原产地规则不得有别于正常贸易领域。
三、原产地的确定方法
（一）基本原则
日本没有独自制定原产地规则，根据1923年11月3日在日内瓦签订的《关于简化关务手续的国际公约》附约中规定的判定标准为基础，在其《关税法基本通知》第68条第3款第5项中规定了原产地的确定方法。
在判定产品原产地时，首先确认该产品是否为“完整产出产品”。如产品在某国完成了全部的生产过程，则依据“完整产出原则”，判定该国为产品的原产地。如该产品的生产涉及2个以上国家时，则依据“实质性改变原则”，判定对产品最后带来实质性改变、赋予产品新的特征的国家为产品的原产地。此外，作为特例，对一些虽然符合“完整产出原则”和“实质性改变原则”，但仅对产品进行了轻微加工的产品，根据“微小加工标准”，对该产品最终加工国不赋予原产地认证。
（二）判定“实质性改变”的原则
对生产过程涉及2个以上国家的产品，日本原则上应用税则改变标准判定其原产地，但在某些特殊情况下，也应用从价百分比标准以及加工工序标准作为辅助标准。
1.在对发展中国家实施的普惠制度中，60%以上的商品采用税则改变标准。其余40%的产品应用辅助标准：对纺织品和加工食品应用加工工序标准，对部分机电产品采取从价百分比标准。
2.在对外EPA/FTA协定谈判中，日本原则上争取采用税则改变标准，主张即使应用从价百分比标准，也应将其作为辅助标准，反对单独应用从价百分比标准确定产品原产地。日本目前已签订的9个EPA/FTA中，按从价百分比原则确定原产地的产品屈指可数，多为对方国家较为关注的“特殊敏感产品”。
3.非特惠领域，如贸易救济、贸易报复等领域应用的原产地规定，原则上沿用普惠制的原产地确定办法。
（三）关于从价百分比的确定方式
对应用从价百分比标准确定原产地的进口产品，日本按照货物的FOB价格确定其总价值。作为判定标准的从价百分比为40%，即如认定商品的原产地为某国，该商品在该国加工后产生的附加值占商品总价的比重，应不低于40%；或该生产商品所用非原产材料价值占商品总价比重，应不超过60%。
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